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一級(jí)質(zhì)譜的鑒定方法又常稱為肽指紋圖譜鑒定（peptide-mass mapping，PMF），二級(jí)質(zhì)譜的鑒定方法又常稱為串聯(lián)質(zhì)譜鑒定。早期蛋白鑒定，因?yàn)榭紤]鑒定成本的問題，一般做測(cè)序生物的蛋白鑒定可以選擇一級(jí)質(zhì)譜，而非測(cè)序生物常選擇二級(jí)質(zhì)譜?，F(xiàn)在，二級(jí)質(zhì)譜的價(jià)格也大大降低，和一級(jí)質(zhì)譜并無太大差異，而且可靠性和鑒定成功率都大大提高，本公司一般都推薦客戶（不管是研究測(cè)序生物還是非測(cè)序生物）直接做串聯(lián)質(zhì)譜，而不考慮進(jìn)行肽指紋圖譜鑒定。